Bugünkü adını denizcilerin su temin ettikleri çeşmelerden aldığı sanılan kent, antik çağda Kyssus adıyla anılmaktadır.

Çeşme'nin en önemli özelliği, içme suyu ve limanıdır. Son derece korunaklı bir limana sahip Erythrai'nın Mısır, Kıbrıs, ve batı ülkeleri ile ilişki kurduğu ve ticaretini geliştirdiği bilinmektedir.

Ülkemizin başlıca turizm merkezlerinden biri olan, uluslararası bir üne sahip Çeşme ve töresinde halk, antik çağda 12 Ion Birliğinden olan Eryhrai'nın (Ildırı) kalıntıları ile iç içe yaşamaktadır.

Çeşme, Lydia, Pers, Pergamon (Bergama) Krallığı, Roma ve Bizans egemenliklerini yaşamıştır. Çeşme Limanının ön plana çıkmasındaki en önemli faktörlerden biri de Sakız Adasından Anadolu kıyılarına en yakın ve güvenilir nokta olmasıdır. Bu nedenle liman, yüzyıllar boyunca ticari alışverişi canlı halde sürdürebilmiştir.

18.YY.'da Osmanlı Devleti'nin Lehistan'ı Ruslar'a karşı koruması ve Rus Çariçesi II. Katerina'nın Osmanlı Devletini parçalama ve Akdeniz inme siyaseti, 1768-1774 Osmanlı - Rus savaşlarına yol açmıştır. Osmanlı Devletini denizde ve adalarda zor durumda bırakmak isteyen Ruslar, Baltık Denizindeki savaş gemilerini Ege Denizine yolladılar Başlangıçta Ruslar'ın top ateşi altında fazla dayanamayan Osmanlı kalyonları, daha sonra Cezayirli Hasan Paşa'nın komutasında 22 Ekim 1770'te Ruslar'ı yenilgiye uğrattı.

Yüzyıllarca Eyalet sistemiyle idare edilmiş olan Osmanlı Devleti'nde 8 Kasım 1864'te Sultan Abdülaziz döneminde köklü değişiklikler yapılmış ve çıkarılan kanunlarla bu değişiklikler uygulanmaya başlamıştır.

Buna göre Aydın ilinin İzmir sancağına bağlı bir kazası olan Çeşme, Kaymakamlık olmuştur. Diğer birçok Batı Anadolu liman şehrinde olduğu gibi Çeşme de, Rum nufusu Türk nufusundan fazlaydı.

Rumlar burada bağcılığı ve şarapçılığı geliştirmişler, çekirdeksiz siyah üzüm başta olmak üzere buğday ve diğer hububat ziraatı da yapmışlardır. Anason ve kökboya üretimi başlamıştır.

Kurtuluş Savaşında özellikle 9.Eylül.1922'de İzmir'in , 16 Eylül 1922'de, Çeşme'nin Yunan işgalinden kurtuluşu ile Rum nufusu Yunanistan'a gitmiştir. 24 Temmuz 1923'te Lozan Antlaşması ile nufus mübadelesi yapılmıştır.

3. Yüzyılın son yarısı ile 14. Yüzyılın başlarında Batı Anadolunun ticari hayatına isim yazmış Cenevizler'in etkisi görülmüştür. Aynı dönemde yöre bir ara Çaka Bey'in yönetimine girmişsede hakimiyeti kısa sürmüştür. 14.yy Başlarında Aydınoğullarının sürüklediği akın kısa zamanda etkili olup Çeşme Limanı bir deniz üssü durumuna getirilmiştir. Yörenin daha sonra İzmir Beyi Umur Bey'in yönetimine geçmesi Cenevizlileri tamamen yörenin ticaretten dışlamak istemeyen Umur Bey ticaretin kendi kontrolünde olması için onları kendi hakimiyetinde kabul ettiği Sakız Adasına göndermişti. Orada kalacak Cenevizliler'le ticari ilişkiler, kendi tabii şartları içinde yapılacaktı.

1330'da Cenevizliler'in Sakız adasına yerleşmeleriyle konumu buraya en uygun olan Çeşme limanı bir kez daha önem kazanmış, böylece Cenevizliler ile ticaret doğal koşullarda sürdürülmüştür. İlk kez 1. Beyazıt (yıldırım) tarafından Osmanlı topraklarına katılmıştır. Fakat Ankara Savaşı'ndan sonra (1402), Timur tarafından yeniden Aydınoğulları'na verilir.

17.yy sonlarından itibaren Batı Anadolu ürünlerinin satıldığı küçük bir ticaret merkezi olan İzmir'in bir anda ticari üstünlüğü ele geçirmesisiyle, Çeşme Limanı, İzmir Limanı'nın yanında giderek gerilemiş ve önemini yitirmiştir.